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🗣 Wd提问: sirna设计网站

🤖 Ai回答:
设计siRNA（小干扰RNA）是进行RNA干扰（RNAi）实验的关键步骤，选择合适的靶序列可以有效沉默目标基因，同时避免脱靶效应。以下是一些常用且权威的siRNA设计网站和工具，它们提供在线设计、特异性分析、脱靶预测等功能：

🔬 常用siRNA设计网站推荐

1、Dharmacon siDESIGN Center（推荐指数 ⭐⭐⭐⭐⭐）
网址：https://horizondiscovery.com/en/rdna/sidesign-center
特点：
由Thermo Fisher旗下Dharmacon开发，业界广泛使用。
可输入基因名称、mRNA序列或RefSeq ID自动设计高效siRNA。
提供评分系统（基于算法优化），筛选高效率、低脱靶的序列。
支持多种物种（人、小鼠、大鼠等）。
可导出序列用于订购Dharmacon的siRNA产品。

2、Invitrogen™ BLOCK-iT™ RNAi Designer（Thermo Fisher）
网址：https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/
特点：
支持siRNA和shRNA设计。
输入基因名或序列即可设计多个候选序列。
提供脱靶分析、GC含量、二级结构评估。
可设计针对特定剪接变体的siRNA。

3、Ambion® Silencer® Select siRNA Design Tool（现属Thermo Fisher）
网址：https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/rna-interference/silencer-select-sirnas.html
特点：
设计带有化学修饰的高特异性siRNA（减少免疫反应和脱靶）。
集成在Thermo Fisher整体平台中，便于后续订购。

4、Whitehead siRNA Selection Algorithm
网址：http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNAext/
特点：
基于Reynolds规则和Tuschl标准的经典算法。
简洁易用，适合手动筛选。
可输入mRNA序列，输出符合经验规则的候选siRNA。
规则包括：长度19–27 bp、GC含量30–55%、避免连续相同碱基等。

5、siRNA Wizard（InvivoGen）
网址：https://www.invivogen.com/sirna-wizard
特点：
免费工具，支持快速设计。
提供基本的设计规则筛选。
适合初学者快速获得候选序列。

6、BIOPREDsi（学术研究用）
网址：http://biopredsi.biosino.org/
特点：
基于机器学习模型预测siRNA效率。
需要输入序列，适合有生物信息学背景的用户。
可用于大规模筛选。

✅ siRNA设计关键原则（供参考）

1、长度：通常为19–21 bp双链RNA。
2、GC含量：30%–55%，过高影响效率，过低不稳定。
3、避免重复序列和SNP区域。
4、起始位置：建议从起始密码子下游75–100 nt开始扫描。
5、避免脱靶：使用BLAST比对确保特异性。
6、热力学稳定性：siRNA的5'端正义链较不稳定有助于RISC复合物正确加载。
7、排除免疫刺激序列：如含有GU-rich或UUGUGU等可能激活先天免疫的motif。

🧪 建议流程

1、使用 Dharmacon 或 BLOCK-iT 在线工具初步设计3–5条候选siRNA。
2、将结果用 BLAST（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov）检查是否特异结合目标基因。
3、检查是否有已知SNP（可通过dbSNP数据库）。
4、若做长期实验，可考虑设计shRNA并构建慢病毒载体（可用Broad研究所的shRNA设计工具）。

📚 参考文献
Elbashir, S、M、et al、(2001)、*Genes & Development* — siRNA设计奠基论文。
Reynolds, A、et al、(2004)、*Nature Biotechnology* — 经验规则总结。

如果你提供具体的基因名称或mRNA序列（如NM_编号），我也可以帮你推荐几条候选siRNA序列！

是否需要我为你设计某个特定基因的siRNA？

Ai作答

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